答：亲和纯化是抗体抗原的结合，理论上应该是纯度最高特异性最好的纯化方法，但是通常由于抗原的提取难度非常困难，所以获得高纯度的抗原并不是一件非常简单的事情。当我们不能获得高纯度的抗原时亲和层析做出来的的抗体也就不会那么纯了；

另外亲和纯化时抗体抗原的结合比较牢固，要想分离抗体抗原就需要大幅降低洗脱液的PH值，抗体（蛋白）在这么低地PH下很容易变性失活，损伤是无法避免的。故此纯化出的抗体稳定性差，4℃保存1天就会出现少许沉淀，反复冻融很容易产生沉淀。所以普通的亲和层析纯化的抗体只能达到银牌抗体的标准，如果需要稳定性更好的优质抗体还需要更好的纯化工艺。